Por lo que me dices, que quieres mantener solo estos 11 días de marzo, me parece que lo más sencillo es que borres la base de datos weewx.sdb y no borres el datalogger. De esta manera cuando arranques weeWX leerá todo lo contenido en el datalogger, que serán unos días, y lo introducirá en la nueva base de datos.
La solución mas complicada es como ya te dije antes utilizar un gestor de bases de datos Sqlite y borrar los datos de diciembre, enero y febrero. Esta solución implica analizar como almacena WeeWX los datos en la base, aprender a utilizar el gestor y por último borrar los datos anteriores a marzo.
Según parece la diferencia entre ambas soluciones es que con la primera vas a perder los primeros días de marzo (dependerá de la capacidad del datalogger y del intervalo de tiempo entre registros).
Creo que ninguna de los dos soluciones te va a perjudicar en Meteoclimatic. La base de datos que tienes en tu ordenador es distinta de lo que hayas enviado y conste en Meteoclimatic. Por tanto ademas de corregir tu base de datos tendrás que corregir los datos que aparecen en el enlace Mis Datos de tu estación en Meteoclimatic, y lo tendrás que hacer de manera congruente con lo que mantengas en tu ordenador para que no se produzcan inconsistencias entre ambas.