Pues ahí no creo que esté el problema.
No me extraña de todos modos......Raspbian es una pasada lo que instala ahora mismo, y en solo consola.
Mi Raspi, con 6 años de base de datos, tiene un uso mínimo
root@raspiweather:/etc/weewx# df
S.ficheros bloques de 1K Usados Disponibles Uso% Montado en
/dev/root 7656552 1139600 6175948 16% /
devtmpfs 112796 0 112796 0% /dev
tmpfs 117080 0 117080 0% /dev/shm
tmpfs 117080 12648 104432 11% /run
tmpfs 5120 4 5116 1% /run/lock
tmpfs 117080 0 117080 0% /sys/fs/cgroup
/dev/mmcblk0p1 63503 20757 42747 33% /boot
Pero no te puedo ayudar más......tendrás que buscar, con un gestor de ficheros, donde está el problema
Saludos.