Prueba la primera parte así:
<?php
$filegetmetar = ("/var/www/html/script/condicionesmx/getmetar.txt");
$filemetar = ("/var/www/html/script/condicionesmx/metar.txt");
$metar0 = file_get_contents("https://tgftp.nws.noaa.gov/data/observations/metar/stations/LEZL.TXT");
$metar1 = file_get_contents("https://tgftp.nws.noaa.gov/data/observations/metar/stations/LEMO.TXT");
$nometarfile = file_get_contents($filemetar);
$nometarfileok = substr($nometarfile,0,27);
$fecha0utc = substr($metar0,0,16).' UTC';
$fecha1utc = substr($metar1,0,16).' UTC';
$fechaactualutc= gmdate('d-m-Y H:i').' UTC';
echo $fecha0utc."<br>";
echo $fecha1utc."<br>";
function diferencia($fecha_1,$fecha_2)
{
$minutos = (strtotime($fecha_1)-strtotime($fecha_2))/60;
$minutos = floor(abs($minutos));
return $minutos;
}
$metarti0 = diferencia($fecha0utc,$fechaactualutc);
$metarti1 = diferencia($fecha1utc,$fechaactualutc);
echo $metarti0;
echo "<br>";
echo $metarti1;
//continúa...
?>
Todo estará en UTC tanto las horas de los metars como la hora actual que usas para comparar por lo que obtendrás las diferencias siempre igual, haya horario de verano o no.