Vas a hacer lo siguiente...
Vas a crear una carpeta en tu servidor FTP llamada Reports (donde tienes el index.htm y demás archivos de tu web)
Luego con FileZilla vas a subir todos los informes de la carpeta Reports de MX de tu PC a esa carpeta Reports en tu servidor.
Con eso ya se te deberían ver en tu web.
A medianoche a ver si se ha actualizado en tu web con el día 29 actual.
Comprueba que tienes todos los NOAA generados en esa carpeta Reports de MX desde que lo tienes en marcha. Si te faltan meses entra en la interfaz web de MX a Reports y ve cargando y en caso de no tenerlos regenerando los mensuales y anuales faltantes y luego a subirlos con FileZilla.
MX solo subirá el mes y año actual al terminar el día. Los que no estén anteriores hay que subirlos manualmente con FileZilla.