Pues vaya...
No es cierto que los supercondensadores originales "se queden pequeños"; son más que suficientes para que el ISS trabaje satisfactoriamente durante muchos años, bien entendido que en combinación con la placa solar y la pila de respaldo. No por poner un supercap "más gordo" el ISS va a funcionar mejor, ya que el conjunto está diseñado para funcionar a la perfección tal como sale de fábrica; no es precisa ninguna modificación.
La pila de respaldo original, tipo 123, que viene de fábrica, también dura un montón de años, siete u ocho (o quizá algo más) en ciertos casos que se han reseñado aquí, en este foro.
Como sugerencia, y pensando en la posibilidad de que el supercap nuevo no funcione bien y esté dañando al conjunto, replantéate poner uno como el original, de 10 F, comprado en un sitio de confianza, y una nueva pila de respaldo, de buena marca.
Asegúrate de que los conectores estén limpios, secos y correctamente conectados. En una estación nueva no hay ninguna razón para tocarlos, ya que parece que los más modernos vienen impregnados con cierto producto que no habría necesidad de limpiar durante mucho tiempo, varios años.
Pero volviendo un poco atrás, mira a ver si el vendedor se hace cargo del mal funcionamiento y te ofrece alguna solución.