Siempre que sea posible es mejor no desactivar la humedad puesto que el histórico se llena con valores de -99 que crean inconsistencias y son difíciles de subsanar. Personalmente si alguna de mis estaciones falla en algún valor lo que hago es desactivarla hasta que esté reparada. Pero repito, es una opción personal.
Mientras está desactivada, también se puede ir actualizando a mano, preferentemente antes de medianoche y si se dispone de los medidores apropiados, para no dejar lagunas en el histórico ni días sin datos.