Bien, se me ocurre un truco para evitar eso.
Si no funciona, pues lo deshacemos. No pasa nada.
en la sección StdArchive de weewx.conf vamos a modificar el tiempo de generación y la forma de generación.
Ya lo explicaba en mi descripción de weewx.conf
archive_interval = 300
# How long to wait (in seconds) before processing new archive data. Must
# be greater than zero.
archive_delay = 15
# Generally, if possible, new records are downloaded from the console
# hardware. If the console does not support this, then software record
# generation is done.
# Set the following to "software" to force software record generation:
record_generation = software
Es decir, pon la generación cada 5 minutos y que la generación que sea "software" para evitar que lea directamente el datalogger.
A ver si con eso se soluciona.