Hola,
Yo lo tengo montado de una manera parecida a la que tu comentas.
En toda SD con raspbian hay 2 particiones: "/boot" y "/root". La primera unicamente (a grosso modo) sirve para arrancar el sistema operativo, mientras que la segunda es la partición que contiene el SO propiamente dicho, y es aquí donde se realiza toda escritura/borrado.
Para que estos ciclos de escritura/borrado sean hechos en un usb externo, tienes 2 opciones: o poner raspbian en un usb externo con ambas particiones y usar solo este, sin SD, o indicarle a la SD que el sistema operativo donde ha de escribir (/root) se encuentra en un usb externo. Es decir, usar la SD para arrancar la raspi y funcionar con el USB externo.
En este último caso, en caso de que fallase el USB, solo habría que cambiar el identificador del mismo en la SD y poner uno nuevo. Y a funcionar.
Yo tengo 2 sistemas funcionando de este modo y de momento van de perlas (voy a tocar madera por si acaso). Ambos llevan casi 2 años funcionando sin problemas.
Aquí tienes un tutorial paso a paso para que veas como se hace, por si te interesa:
http://www.kupply.com/move-your-raspberry-pi-system-to-usb-in-10-steps/