Gracias de nuevo jmviper.
Resulta que la subida por FTP la tenía bien configurada, creando el último archivo del día a las 23:59 y subiéndolo a las 00:00. El primero del día se crea a las 0:10 y se sube a esa misma hora (no se en qué orden). Se ve que en su momento debí tener este problema y lo configuré correctamente y por algún motivo que no recuerdo comencé a utilizar el VisualStart.
Respecto a la lluvia, no, no tengo tuneado el pluviómetro, así que no he tocado el valor de "modified rain gauge new tip" que permanece a uno y sí que he marcado el "show rain to 0.1" que estaba desactivado. Hasta la fecha modificaba manualmente los valores para corregir las inconsistencias, espero que con este par de detallitos éstas desaparezcan casi por completo.
Sobre subir por FTP cada 5 minutos lo hago precisamente por lo que comentas, intentar minimizar posibles fallos en la subida por microcortes en la conexión, fallo del servidor, o cualquier otro motivo, así, como bien dices, tengo dos oportunidades más para enviar la plantilla y que el robot de Meteoclimatic la lea actualizada.
Esta noche no hay prevista lluvia, aunque sí mañana, estaré pendiente a ver como se comporta.
De nuevo muchas gracias