Todo solucionado, efectivamente cambié la configuración en la raspi y desaparecieron los errores en las comas, tambien cuando ejecutaba manualmente el php si subían los datos a meteoclimatic pero luego nada, algo no estaba correcto y fallaba el envío automático, después de darle vueltas y mas vueltas un par de días y no dar con lo que ocurría, me puse en contacto con Xavi EA5ZF, en el fichero crontab me faltaba poner el directorio principal del .sh
Gracias Xavi.