Hola, la verdad es que nunca he cambiado los colores de los gráficos, pero en el propio archivo skin.conf, sección [ImageGenerator] está escrito lo siguiente:
# Colors can be specified any of three ways:
# 1. Notation 0xBBGGRR;
# 2. Notation #RRGGBB; or
# 3. Using an English name, such as 'yellow', or 'blue'.
# So, 0xff0000, #0000ff, or 'blue' would all specify a pure blue color.
Entre las dos primeras notaciones, el orden de las letras y números del código de color cambian, quizás sea por eso que salen los complementarios
Puedes probar a elegir los colores en una página como la siguiente:
http://www.htmlcsscolor.com/Y los pones en el skin con el mismo código que te da (por ejemplo, #6FA8DC, haciendo uso de la "notación 2").
Si no funciona nos comentas
Saludos