Puedes saber qué archivos sube Filezilla y qué ordena su subida ?? Que yo sepa Filezilla no tiene una interfaz de comandos para poder automatizar subidas, en otras palabras, que todas las operaciones se hacen manualmente por su interfaz gráfica, por lo tanto no sé qué pinta en todo esto Filezilla.
Cumulus MX puede hacer peticiones HTTP cada X tiempo lo que equivaldría a realizar el cronjob de ese archivo de actualización, creo que de base de datos, de meteotemplate.
Si quieres y tienes instalado Teamviewer podemos quedar por privado e intentar echarle un vistazo a cómo lo tienes y ver qué se puede hacer.
