Hola Akerrei1
Simplemente es una advertencia de que si eliges la opción de USB no podrás utilizar ningún programa de terceros (Weather Display, Cumulus MX, Weewx, etc) aparte de Weatherlink con la Davis.
Lo normal es elegir la opción Serial para que vaya con todos, incluido Weatherlink. Tendrás que darle al botón Auto Detect para que detecte el puerto COM serie dónde está la estación.