Una copia de seguridad diaria es una buena idea.
Pero mejor si la copia de seguridad la haces fuera de la propia tarjeta SD de la Raspberry Pi.
Puede ser un pincho USB, un disco externo o un servidor ftp remoto.
Lo importante es que no esté en la propia SD de la Raspi. Y si está en otro ordenador o en remoto, mejor