Todo es completamente normal, o no, pero explicable.
Si en la plantilla que ingiere meteoclimatic hay un valor de lluvia mensual, a cada actualización es ese el valor que prevalece sobreescribiendo el que se haya introducido manualmente. Mientras los valores que se muestran son manuales, aparece el lápiz hasta la siguiente actualización.
Sobre los mm desaparecidos, eso es cosa de la estación, que por algún motivo se han borrado. Pasa demasiado a menudo con estos modelos. Meteoclimatic no puede pues oler si una estación manda "0" como dato, si son verdad o un error de la estación. Para evitar este, y otros problemas, se puede probar con este otro protocolo, a priori más sólido:
http://www.atmos.cat/perl?num=1578942090 aunque sin garantía de que la estación funcione correctamente, en esto se depende del fabricante, el modelo, las versiones de firmware...