Es sencillo, necesitas una plantilla para cada estación. Tendrás que colocarlas en dos directorios distintos, o renombrarlas, casi prefiero la primera opción.
Con CumulusMX se puede colocar la plantilla en cualquier lugar.
Los archivos de salida, también uno en cada sitio para evitar errores.
Y a partir de aquí, dependerá del sistema que uses.
Si lo subes por FTP, un envío por cada archivo.
Si vas a usar Visual, tiene la opción de hacer hasta seis envíos distintos. Se trata de configurar los envíos que necesites.