Saludos,
Aunque tengáis solucionado el problema con el FTP os recomiendo dejar de usar este protocolo por seguridad.
Os recomiendo utilizar rsync para subir los datos al servidor, esto sincronizará sólo los archivos que cambien y además la conexión irá cifrada. Eso sí, tendréis que configurar los certificados para la conexión.
Saludos