Alvar, yo pasé en diciembre de 2016 de Cumulus a CumulusMX, en este caso todo en Windows, me extraña que te ponga el punto, ya que no lo tenía en mis ficheros Cumulus 1 por distinguirlos, de hecho tuve que ponerles el punto manualmente a cada uno.
Como por lo que dices tu sigues con el Cumulus 1.9.x con el tema del punto y si quieres seguir usando ToolBox, puedes hacer una "trampa", quita el punto, edita con ToolBox y luego salva, si es necesario añade el punto.
Ten presente que los ficheros totalizadores anuales, mensuales, diarios, etc los genera Cumulus a partir de dayfile.txt, luego si alguno te marea mucho, haz copia de seguridad previa, elimina y se vuelve a generar y compara el resultado.
Los ficheros mensuales son los que dan la definición cada 5,10, 3, etc minutos que tengas puesto guarde datos.