Pues eso, tengo funcionando CumulusMX con dos estaciones distintas, en mi caso con una Davis Pro2 y con un GW1000/1100 de Ecowitt. (Pongo los dos porque he tenido los dos en distintos momentos)
Es sencillo, hacemos dos instalaciones del programa en dos carpetas distintas, como es evidente, con nombre distinto.
En la configuración del programa, en el apartado de Configuración General dejamos desmarcada la opción "Stop Second Instance"
Creamos un acceso directo en el escritorio de la segunda instalación, ya que tenemos que cambiar la dirección desde la que llamaremos al programa para que se abra en el navegador.
Con el botón derecho abrimos las "propiedades" del acceso directo
A la dirección que tengamos le añadiremos " -port 899X" o el puerto desde el que queramos llamarle, siempre distinto al puerto que usemos para la primera instancia
En mi caso quedó así D:Pruebas\CumulusMX\CumulusMX.exe -port 8999
Lleva meses funcionando sin ningún problema.
Mi agradecimiento a PaulMy del foro de Cumulus, que fue el que puso la clave para poder hacerlo.
Espero que os sirva a alguien.