Varias preguntas, varias respuestas.
Los ficheros de cada mes es donde se guardan uno a uno los registros puntuales que hace el programa cada X minutos como le hayas dicho, a las 0:00, 0:05, 0:10, 0:15 ... es decir si lo tienes cada 5 minutos son 5x60x24 registros cada día x 30 dias. Dayfile.txt guarda solo máximas y mínimas de cada día, con su hora de suceso, es un resumen del día, 30 registros cada mes.
No sé exactamemte de donde se toman los datos cuando se genera una plantilla meteoclimatic, pero cada platilla lleva un grupo de información siminlar, datos actuales, datos máx./mín. del día, datos máx/mín. del mes y datos máx./mín. del año. Luego si se usan de alguna manera u otra, si borras un fichero mes.XXlog.txt, reconstruye los datos máx./mín. desde dayfile.txt, pierdes información pero no la más importante.
Ventajas de CumulusMX, consume menos memoria, permite usar bases sql en lugar de ficheros de texto plano y es por donde se va a seguir desarrollando el programa, aunque ahora mismo lleva varios meses parado. Si te manejas con Cumulus 1.9.x no es estríctamente necesario que cambies si te es estable. CumulusMX rueda también en Linux con emulación Mono lo que le da acceso a instalarlo en una Raspberry Pi por ejemplo, menos de 5W en comparación con los 45W aprox de un portatil o los cerca de 250-300 de una torre PC, en términos consumo de electridad es cuestión de pensar.
La carátula es distinta se hace desde una página web en lugar desde una ventana propia del programa, esa es una de las razones por las que consume menos recursos.
Espero haberte respondido.