No, no uses -r porque eso borra directorios completos.
Usa -f con la base de datos que está en /var/lib/weewx/weewx.sdb
es decir
sudo rm -f /var/lib/weewx/weewx.sdb
Y no hace falta nada más.
Lo único que podría hacer falta es el directorio de los NOAA, pero teóricamente, al empezar a generar con la nueva base de datos, se tienen que borrar los viejos NOAA de prueba.
Saludos.
Ah....el borrado siempre con weewx parado, claro